Los primeros datos contrastados nos llegan de 1875, año en el que el neurólogo francés Chassiagnac descubrió que un caballo en movimiento mejora el equilibrio, el movimiento articular y el control muscular de los pacientes. El auge de la hipoterapia en Europa surge a partir de los años 50 y 60 en Alemania. Se experimentó con el método que en nuestros días se utiliza, basado principalmente en el establecimiento de una relación directa entre el movimiento del caballo y la respuesta del paciente.

En a actualidad la hipoterapia se divide en tres grandes áras:
Rehabilitación pasiva: donde el paciente está sentado sobre el caballo en forma pasiva y sólo es estimulado por el movimiento de caballo.
Rehabilitación activa: el paciente paticipa activamete en la terapia, realizando ejercicios e incluso piruetas sobre el caballo.
Deporte: en esta categoría se entrena en algún deporte ecuestre con persona con disapacidad.